Dengan semangat perubahan itulah pada Hari Bhakti Adyaksa ke-45 yang jatuh pada tanggal 22 Juli 2005, Kejaksaan RI meluncurkan Program Pembaruan Kejaksaan di hadapan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan masyarakat luas. Program ini meliputi aspek pembaruan organisasi dan tata kerja Kejaksaan dan sumber daya manusia; pembaruan organisasi dan tata kerja bidang Kejaksaan; pembaruan manajemen umum; pembaruan manajemen perkara; dan pembaruan sistem pengawasan Kejaksaan. Kelima aspek pokok tersebut kemudian dijabarkan menjadi 12 program :

1. Pembaruan Organisasi Tata Kerja Kejaksaan
2. Pembaruan Sistem Rekrutmen
3. Pembaruan Sistem Pendidikan dan Pelatihan
4. Pembaruan Sistem Pembinaan Karir
5. Pembaruan Organisasi dan Tatakerja bidang Intelejen Kejaksaan
6. Penyusunan Standar Minimum Sarana dan Prasarana Kejaksaan
7. Peninjauan kembali dan Pengembangan Sistem Manajemen Anggaran/Keuangan Kejaksaan
8. Peningkatan Anggaran Penanganan Kasus Korupsi, HAM, Terorisme, Pencucian Uang dan Pencurian Kekayaan Hutan dan Laut
9. Peningkatan Tunjangan Fungsional Jaksa
10. Pengembangan Sistem Manajemen Informasi Penanganan Perkara dan Kewenangan lainnya
11. Peningkatan Kerjasama antar Institusi Terkait dalam Upaya Penegakan Hukum dan Kasus-Kasus yang Menarik Perhatian Masyarakat.
12. Pengembangan Sistem Pengawasan yang Transparan dan Akuntabel :

• Penyusunan Code of Conduct Jaksa
• Pengembangan Sistem Pengawasan Perilaku dan Pendisiplinan Jaksa
• Pengembangan Mekanisme Koordinasi dan Mekanisme Kerjasama antara bidang Pengawasan Kejaksaan dan Komisi Kejaksaan.

Kedua belas program ini merupakan program-program prioritas terpilih yang dapat dilaksanakan oleh Kejaksaan tanpa harus menunggu prakarsa lembaga-lembaga negara lain.

1. Perubahan kultur organisasi,
2. Perubahan kultur individu para jaksa (terutama pimpinan dan pembantu   pimpinan) dan seluruh pegawai kejaksaan,
3. Peningkatan ketaatan pada   peraturan disiplin dan etika profesi,
4. Peningkatan kualitas dalam hal melaksanakan tugas-tugas yustisial.
5. Ujung dari semua ini adalah semakin menguatnya kepercayaan masyarakat terhadap institusi Kejaksaan sebagai salah satu pilar utama penegakan hukum yang lebih profesional di Indonesia

Tim Pembaruan Kejaksaan dibentuk oleh Jaksa Agung RI menjelang peluncuran Program Pembaruan Kejaksaan di hadapan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan masyarakat luas pada tahun 2005. Tim Pembaruan Kejaksaan terdiri dari pejabat Kejaksaan, Tenaga Ahli Kejaksaan dan Staf tetap. Wakil Jaksa Agung RI merupakan Koordinator Tim Pembaruan Kejaksaan.

Tugas Tim Pembaruan adalah membantu Koordinator Tim Pembaruan/Wakil Jaksa Agung dalam melaksanakan fungsi terkait dengan pembaruan Kejaksaan, yaitu :

• Menentukan program prioritas pembaruan Kejaksaan;
• Menyusun rencana pelaksanaan program secara detil, termasuk penentuan target dan indikator keberhasilan;
• Menggalang dukungan dari pihak-pihak terkait, termasuk dukungan pendanaan serta melibatkan pihak-pihak terkait dalam pelaksanaan program pembaruan Kejaksaan, termasuk para ahli, kalangan perguruan tinggi, lembaga swadaya masyarakat, dsb;
• Mengarahkan pelaksanaan program pembaruan;
• Memantau dan menilai perkembangan pelaksaana porgram pembaruan Kejaksaan.

Untuk merealisasikan 12 agenda pembaruan, pada bulan Oktober 2006 telah diterbitkan Surat Perintah No.PRIN-108/A/JA/10/2006 -yang kemudian diganti dengan Surat Perintah No. PRIN 028/A/JA/05/2007- untuk membentuk Kelompok Kerja (POKJA) Pembaruan Kejaksaan.

1. Pokja Pembaruan Ortala Kejaksaan,
2. Pokja Rekrutmen dan Pembinaan Karir,
3. Pokja Diklat,
4. Pokja Pembaruan Ortala Intelijen,
5. Pokja Pembentukan Kode Perilaku Jaksa (Code of Conduct) dan Standar Minimum Profesi Jaksa (SMPJ),
6. Pokja Mekanisme dan Prosedur Pengawasan, serta
7. Pokja Comparative Study.

Tujuh POKJA di atas menindaklanjuti enam bidang yang dianggap sebagai prioritas bagi Kejaksaan dalam meningkatkan kinerja, profesionalisme dan integritasnya.

B.   Pembaruan Ortala Intelijen

C. Pembaruan Sistem Pengawasan

Kerja keras masing-masing POKJA telah menghasilkan draf kebijakan pembaruan yang dituangkan dalam Peraturan Jaksa Agung (Perja). Pada tanggal 23 Julis 2007 Jaksa Agung RI menerbitkan enam Peraturan Jaksa Agung (Perja) yang memuat ketentuan-ketentuan tentang peningkatan Manajemen SDM Kejaksaan yang mengandung unsur-unsur pembaruan, seperti jaminan adanya sistem yang objektif, transparan dan akuntabel guna meningkatkan profesionalisme, kinerja dan integritas Jaksa dan Pegawai Kejaksaan lainnya.

1. Perja Sistem Rekruitmen Calon Jaksa
2. Perja Pembinaan Karir
3. Perja Pendidikan & Pelatihan
4. Perja Kode Perilaku Jaksa
5. Perja Standar Minimum Profesi Jaksa
6. Perja Penyelenggaraan Pengawasan